Hallo volker!
Also die eclass Warnung kommt nicht wegen Deiner portage Version, sondern meistens durch hinzugefügte Overlays.
PORTAGE_ECLASS_WARNING_ENABLE="0" deaktiviert diese Warnungen komplett - das stimmt. Man sollte aber vorher kurz die Overlays aktualisieren, ob nicht schon diese Überschneidung korrigiert wurde. In der aktuellen 10.2008-KDE4 ist PORTAGE_ECLASS_WARNING_ENABLE="0" auch noch in /etc/make.conf vorhanden - diese Zeile kann aber ruhig gelöscht bzw. mit # ausgeklammert werden.
Gruß Joern